D'après la tradition, après la fondation de Carthage en 814 av. J.-C. des marchands puniques se dirigèrent vers l'extrême Occident, jusqu'à Essaouira, pour y installer des échelles, des comptoirs. Les premiers hommes sur lesquels il existe des renseignements y parlaient une langue berbère. Dès lors Essaouira, ce mouillage utilisé par le navigateur carthaginois Hannondès le VIe siècle av. J.-C., protégé des alizés et riche en eau potable, servit pendant plusieurs siècles de poste avancé sur la route du Cap-Vert et de l'Équateur. Vers le IIIe siècle av. J.-C., les Berbères s'organisèrent en monarchie.

La région passa sous influence romaine à la suite de la Troisième guerre punique en 146 av. J.-C.. Rome fit un État-client de ce royaume dont le souverain le plus illustre fut Juba II. Le souverain favorisa l'installation de son équipage et le développement de l'industrie des salaisons et de la pourpre. C'est cette seconde activité (production de teinture à partir d'un coquillage : le murex) qui explique la renommée des îles Purpuraires (au large d'Essaouira) jusqu'à la fin de l'Empire romain. Cette couleur, chez les Anciens, était synonyme d'un rang social élevé. En 42 ap. J.-C., Rome finit par annexer le royaume berbère pour le transformer en province romaine de Maurétanie tingitane.

Au Moyen Âge, les marins portugais mesurent tous les avantages de cette baie et baptisent la ville Mogador, déformation probable du nom de Sidi Mogdoul, un marabout local. LesJuifs ont un statut spécial d'intermédiaires entre le sultan et les puissances étrangères, obligées d'installer à Essaouira une Maison consulaire (il y en eut jusque dix dans la Kasbah). On les appelle les « négociants du roi » ou les « représentants consulaires ». Ils ont, par exemple, le monopole de la vente du blé aux chrétiens, celle-ci étant interdite aux musulmans.

Bien qu'officiellement Mogador n'ait été fondée que vers 1760, le nom de la ville est mentionné dans de nombreux écrits anciens : Amougdoul est mentionnée comme lieu de mouillage très sûr par l’historien Al Bakri au XIe siècle. À cette époque, la ville servait de port à tout le Sud marocain. Le site de Mogador est identifié dans la mappemonde de Medi ci en 1357. Le nom de Mongodor apparaît sur une carte de Pise de 1367, celui de Mogodor figure sur une carte catalane de 1375. En 1506, le roi du Portugal Manuel Ie y fait construire une forteresse du nom de Castello Réal qu'ils finirent par abandonner en 1510 en raison de la révolte de Berbères affiliés à l’organisation maraboutique des Regragas. L'Espagne, la Hollande, la France et l'Angleterre cherchèrent à s'y établir. Selon le récit d'un voyageur hollandais, la ville avait déjà sa population juive. Le voyageur Drake fait mention de Domegador en 1577 et ce nom se retrouve dans les cartes publiées en Hollande par Judocus Hondius au XVIe siècle. Les pères capucins de Toutaine rapportent qu’en 1628, le sultan Abed Al-Malik planifiait d’employer des esclaves chrétiens pour batir un port fortifié face aux îles atlantiques et mentionnent même l’existence d’un fort dans une île. Le prince de Razilly qui était venu y pourchasser les pirates en 1629 après avoir bombardé la ville portuaire de Salé, mentionne le nom de Mongador, tout comme le fait l'Atlas de Hondius en 1608. Le commerce avec Mogador aurait existé avant la création de la ville. Ainsi, Il y avait des échanges à caractère commercial entre Mogador et Dieppe en 1660, soit près de 100 ans avant la fondation officielle de la ville.

La ville nouvelle 

En 1764, le sultan Mohammed ben Abdellah décide d'installer à Essaouira sa base navale, d'où les corsaires iront punir les habitants d'Agadir en révolte contre son autorité. Il fait appel à Théodore Cornut, un architecte français à la solde des Britanniquesde Gibraltar. Le sultan le reçoit avec tous les honneurs dus à un grand artiste et lui confie la réalisation de la nouvelle ville « au milieu du sable et du vent, là où il n'y avait rien ». Cornut l'Avignonnais, qui avait été employé par Louis XV à la construction des fortifications du Roussillon, travailla trois ans à édifier le port et la kasbah, dont le plan original est conservé à la Bibliothèque nationale de France à Paris. Il semblerait que la seconde ceinture de remparts et la médina aient été dessinées bien après le départ de Cornut. Le sultan n'avait souhaité prolonger leur collaboration, reprochant au Français d'être trop cher et d'avoir travaillé pour l'ennemi britannique. Avec son plan très régulier, la ville mérite bien son nom actuel d'Es Saouira, qui signifie « la Bien-Dessinée ».